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Avviare un ambiente di formazione¶

Per utilizzare l'ambiente preconfigurato che forniamo su GitHub Codespaces, cliccate sul pulsante "Open in GitHub Codespaces" qui sotto. Per altre opzioni, consultate Opzioni di ambiente.

Consigliamo di aprire l'ambiente di formazione in una nuova scheda o finestra del browser (utilizzate il clic destro, ctrl-clic o cmd-clic a seconda della vostra dotazione) in modo da poter continuare a leggere mentre l'ambiente si carica. Dovrete tenere queste istruzioni aperte in parallelo per seguire il corso.

Nozioni di base sull'ambiente¶

Questo ambiente di formazione contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per seguire il corso di formazione, quindi non dovrete installare nulla da soli.

Il codespace è configurato con un'interfaccia VSCode, che include un esploratore del filesystem, un editor di codice e una shell di terminale. Tutte le istruzioni fornite durante il corso (ad es. 'aprite il file', 'modificate il codice' o 'eseguite questo comando') si riferiscono a queste tre parti dell'interfaccia VSCode, salvo diversa indicazione.

Se state seguendo questo corso autonomamente, vi preghiamo di familiarizzare con le nozioni di base sull'ambiente per ulteriori dettagli.

Requisiti di versione¶

Questa formazione funziona con Nextflow 25.10.2 o successivo con il parser di sintassi v2, che è quello predefinito a partire da Nextflow 26.04. Nel nostro ambiente di formazione non dovete fare nulla: esegue Nextflow 26.04.4 con il parser v2. Se state utilizzando un ambiente locale o personalizzato, consultate le note sulla versione.

Questa formazione richiede inoltre nf-core tools 4.0.2. Se utilizzate una versione diversa degli strumenti nf-core, potreste avere difficoltà a seguire.

Potete verificare quale versione è installata nel vostro ambiente utilizzando il comando nf-core --version.

Compatibilità con il parser v2

Molte pipeline nf-core non supportano ancora il parser di sintassi v2. Se eseguite una pipeline nf-core diversa da quelle utilizzate in questo corso e riscontrate errori, potrebbe essere necessario passare al parser v1 impostando export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consultate le note sulla versione per i dettagli.

Prepararsi a lavorare¶

Una volta che il vostro codespace è in esecuzione, ci sono due cose da fare prima di immergersi nella formazione: impostare la directory di lavoro per questo corso specifico e dare un'occhiata ai materiali forniti.

Impostare la directory di lavoro¶

Per impostazione predefinita, il codespace si apre con la directory di lavoro impostata alla radice di tutti i corsi di formazione, ma per questo corso lavoreremo nella directory hello-nf-core/.

Cambiate directory ora eseguendo questo comando nel terminale:

cd hello-nf-core/

Suggerimento

Se per qualsiasi motivo vi spostate fuori da questa directory (ad es. il vostro codespace va in sospensione), potete sempre utilizzare il percorso completo per ritornarvi, supponendo che stiate eseguendo questo all'interno dell'ambiente di formazione Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Ora esplorate il contenuto di questa directory.

Esplorare i materiali forniti¶

Potete esplorare il contenuto di questa directory utilizzando l'esploratore di file sul lato sinistro dello spazio di lavoro di formazione. In alternativa, potete utilizzare il comando tree.

Durante il corso, utilizziamo l'output di tree per rappresentare la struttura e il contenuto delle directory in forma leggibile, a volte con lievi modifiche per chiarezza.

Qui generiamo un indice dei contenuti fino al secondo livello:

tree . -L 2

Contenuto della directory

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Cliccate sulla casella colorata per espandere la sezione e visualizzarne il contenuto. Utilizziamo sezioni espandibili come questa per includere l'output previsto dei comandi in modo conciso.

Il file greetings.csv è un CSV contenente alcuni dati colonnari minimi che utilizziamo a scopo di test.
Il file custom.config è un esempio di file di configurazione Nextflow utilizzato nella Parte 1 per illustrare gli override delle risorse dei processi e ext.args.
Il file malformed_samplesheet.csv è un samplesheet intenzionalmente non valido utilizzato nella Parte 1 per illustrare la validazione dell'input.
Il file my_params.yml è un esempio di file di parametri utilizzato nella Parte 1 per illustrare come passare parametri booleani a una pipeline.
La directory original-hello contiene una copia del codice sorgente prodotto lavorando attraverso la serie completa di formazione Hello Nextflow (con Docker abilitato).
La directory solutions contiene gli script del flusso di lavoro completati che risultano da ogni fase del corso. Sono destinati a essere utilizzati come riferimento per verificare il vostro lavoro e risolvere eventuali problemi.

Lista di controllo della preparazione¶

Pensate di essere pronti per iniziare?

Comprendo l'obiettivo di questo corso e i suoi prerequisiti
Il mio ambiente è attivo e funzionante
Sto utilizzando nf-core tools 4.0.2 (verificate con nf-core --version)
Ho impostato la mia directory di lavoro in modo appropriato

Se potete spuntare tutte le caselle, siete pronti per iniziare.

Per continuare con la Parte 1, cliccate sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.