Başlarken¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Eğitim ortamını başlatma¶

GitHub Codespaces üzerinde sağladığımız hazır ortamı kullanmak için aşağıdaki "GitHub Codespaces'te Aç" düğmesine tıklayın. Diğer seçenekler için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.

Ortam yüklenirken okumaya devam edebilmeniz için eğitim ortamını yeni bir tarayıcı sekmesinde veya penceresinde açmanızı öneririz (ekipmanınıza bağlı olarak sağ tıklama, ctrl+tıklama veya cmd+tıklama kullanın). Kursu takip edebilmek için bu talimatları paralel olarak açık tutmanız gerekecektir.

Ortam temelleri¶

Bu eğitim ortamı, eğitim kursu boyunca çalışmak için gerekli tüm yazılım, kod ve veriyi içerir; dolayısıyla kendiniz herhangi bir şey yüklemenize gerek yoktur.

Codespace, bir dosya sistemi gezgini, bir kod düzenleyici ve bir terminal kabuğu içeren bir VSCode arayüzü ile kurulmuştur. Kurs boyunca verilen tüm talimatlar (örn. 'dosyayı açın', 'kodu düzenleyin' veya 'bu komutu çalıştırın') aksi belirtilmedikçe VSCode arayüzünün bu üç bölümünü ifade eder.

Bu kursu kendi başınıza takip ediyorsanız, lütfen daha fazla ayrıntı için ortam temellerine göz atın.

Sürüm gereksinimleri¶

Bu eğitim, varsayılan olarak Nextflow 26.04 sürümünden itibaren etkin olan v2 sözdizimi ayrıştırıcısıyla birlikte Nextflow 25.10.2 veya sonrası ile çalışmaktadır. Eğitim ortamımızda herhangi bir şey yapmanıza gerek yoktur: v2 ayrıştırıcısıyla Nextflow 26.04.4 çalıştırılmaktadır. Yerel veya özel bir ortam kullanıyorsanız sürüm notlarına bakın.

Eğitim ayrıca nf-core tools 4.0.2 gerektirir. nf-core araçlarının farklı bir sürümünü kullanırsanız, takip etmekte zorluk yaşayabilirsiniz.

Ortamınızda hangi sürümün yüklü olduğunu nf-core --version komutunu kullanarak kontrol edebilirsiniz.

v2 ayrıştırıcı uyumluluğu

Birçok nf-core pipeline'ı henüz v2 sözdizimi ayrıştırıcısını desteklememektedir. Bu kursta kullanılanlar dışında bir nf-core pipeline'ı çalıştırır ve hatalarla karşılaşırsanız, export NXF_SYNTAX_PARSER=v1 ayarını yaparak v1 ayrıştırıcısına geçmeniz gerekebilir. Ayrıntılar için sürüm notlarına bakın.

Çalışmaya hazır olun¶

Codespace'iniz çalışmaya başladığında, eğitime dalmadan önce yapmanız gereken iki şey vardır: bu özel kurs için çalışma dizininizi ayarlamak ve sağlanan materyallere göz atmak.

Çalışma dizinini ayarlama¶

Varsayılan olarak, codespace tüm eğitim kurslarının kök dizininde ayarlanmış çalışma dizini ile açılır; ancak bu kurs için hello-nf-core/ dizininde çalışacağız.

Terminalde şu komutu çalıştırarak şimdi dizini değiştirin:

cd hello-nf-core/

İpucu

Herhangi bir nedenle bu dizinden çıkarsanız (örn. codespace'iniz uykuya geçerse), Github Codespaces eğitim ortamında çalıştığınızı varsayarak, geri dönmek için her zaman tam yolu kullanabilirsiniz:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Şimdi bu dizinin içeriğini keşfedelim.

Sağlanan materyalleri keşfetme¶

Bu dizinin içeriğini, eğitim çalışma alanının sol tarafındaki dosya gezginini kullanarak keşfedebilirsiniz. Alternatif olarak, tree komutunu kullanabilirsiniz.

Kurs boyunca, dizin yapısını ve içeriğini okunabilir bir biçimde göstermek için tree çıktısını kullanıyoruz; bazen netlik için küçük değişikliklerle.

Burada ikinci seviyeye kadar bir içindekiler tablosu oluşturuyoruz:

tree . -L 2

Dizin içeriği

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Bölümü genişletmek ve içeriğini görüntülemek için renkli kutuya tıklayın. Beklenen komut çıktısını özlü bir şekilde dahil etmek için bunun gibi daraltılabilir bölümler kullanıyoruz.

greetings.csv dosyası, test amaçlı kullandığımız bazı minimal sütunsal verileri içeren bir CSV'dir.
custom.config dosyası, Bölüm 1'de süreç kaynak geçersiz kılmalarını ve ext.args kullanımını göstermek için kullanılan örnek bir Nextflow yapılandırma dosyasıdır.
malformed_samplesheet.csv dosyası, Bölüm 1'de girdi doğrulamasını göstermek amacıyla kasıtlı olarak bozulmuş bir örnek sayfasıdır.
my_params.yml dosyası, Bölüm 1'de bir pipeline'a boolean parametrelerin nasıl aktarılacağını göstermek için kullanılan örnek bir parametre dosyasıdır.
original-hello dizini, Hello Nextflow eğitim serisinin tamamı boyunca çalışarak üretilen kaynak kodun bir kopyasını içerir (Docker etkinleştirilmiş olarak).
solutions dizini, kursun her adımından kaynaklanan tamamlanmış iş akışı betiklerini içerir. Bunlar, çalışmanızı kontrol etmek ve herhangi bir sorunu gidermek için referans olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır.

Hazırlık kontrol listesi¶

Başlamaya hazır olduğunuzu mu düşünüyorsunuz?

Bu kursun hedefini ve ön koşullarını anlıyorum
Ortamım çalışır durumda
nf-core tools 4.0.2 kullandığımı doğruladım (nf-core --version ile kontrol edin)
Çalışma dizinini uygun şekilde ayarladım

Tüm kutuları işaretleyebiliyorsanız, başlamaya hazırsınız.

Bölüm 1'e devam etmek için bu sayfanın sağ alt köşesindeki oka tıklayın.