Primeiros Passos¶

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Iniciar um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-construído que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique-direito, ctrl+clique ou cmd+clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Básico do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de sistema de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, salvo especificação em contrário.

Se você está trabalhando neste curso por conta própria, por favor familiarize-se com o básico do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este treinamento funciona com o Nextflow 25.10.2 ou posterior com o analisador de sintaxe v2, que é o padrão a partir do Nextflow 26.04 em diante. Em nosso ambiente de treinamento, você não precisa fazer nada: ele executa o Nextflow 26.04.4 com o analisador v2. Se você estiver usando um ambiente local ou personalizado, consulte as notas de versão.

Este treinamento adicionalmente requer nf-core tools 4.0.2. Se você usar uma versão diferente das ferramentas nf-core, você pode ter dificuldades em acompanhar.

Você pode verificar qual versão está instalada em seu ambiente usando o comando nf-core --version.

Compatibilidade com o analisador v2

Muitos pipelines nf-core ainda não suportam o analisador de sintaxe v2. Se você executar um pipeline nf-core diferente dos usados neste curso e encontrar erros, pode ser necessário mudar para o analisador v1 definindo export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consulte as notas de versão para mais detalhes.

Prepare-se para trabalhar¶

Uma vez que seu codespace esteja executando, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: configurar seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Configurar o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho configurado na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório hello-nf-core/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd hello-nf-core/

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em modo de espera), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando isto dentro do ambiente de treinamento GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Em seguida, explore o conteúdo deste diretório.

Explorar os materiais fornecidos¶

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Alternativamente, você pode usar o comando tree.

Durante o curso, usamos a saída de tree para representar a estrutura e conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice até o segundo nível:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para incluir a saída esperada de comandos de forma concisa.

O arquivo greetings.csv é um CSV contendo alguns dados colunares mínimos que usamos para fins de teste.
O arquivo custom.config é um exemplo de arquivo de configuração Nextflow usado na Parte 1 para demonstrar substituições de recursos de processos e ext.args.
O arquivo malformed_samplesheet.csv é uma planilha de amostras intencionalmente quebrada usada na Parte 1 para demonstrar a validação de entrada.
O arquivo my_params.yml é um exemplo de arquivo de parâmetros usado na Parte 1 para demonstrar como passar parâmetros booleanos para um pipeline.
O diretório original-hello contém uma cópia do código fonte produzido ao trabalhar na série completa de treinamento Hello Nextflow (com Docker habilitado).
O diretório solutions contém os scripts de fluxo de trabalho completos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para mergulhar?

Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está ativo e funcionando
Estou usando nf-core tools 4.0.2 (verifique com nf-core --version)
Eu configurei meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, você está pronto para começar.

Para continuar para a Parte 1, clique na seta no canto inferior direito desta página.