Pierwsze kroki¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchom środowisko szkoleniowe¶

Aby skorzystać z gotowego środowiska, które udostępniamy na GitHub Codespaces, kliknij poniższy przycisk „Open in GitHub Codespaces". Inne opcje znajdziesz w sekcji Opcje środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj prawego przycisku myszy, ctrl+klik lub cmd+klik w zależności od Twojego sprzętu), abyś mógł/mogła czytać instrukcje podczas ładowania środowiska. Musisz mieć te instrukcje otwarte równolegle, aby przejść przez kurs.

Podstawy środowiska¶

To środowisko szkoleniowe zawiera wszystkie niezbędne oprogramowanie, kod i dane potrzebne do przejścia przez kurs, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator systemu plików, edytor kodu i terminal powłoki. Wszystkie instrukcje podawane podczas kursu (np. „otwórz plik", „edytuj kod" lub „uruchom to polecenie") odnoszą się do tych trzech części interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli przechodzisz przez ten kurs samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, aby uzyskać więcej szczegółów.

Wymagania dotyczące wersji¶

To szkolenie działa z Nextflow'em 25.10.2 lub nowszym z parserem składni v2, który jest domyślny od Nextflow'a 26.04 wzwyż. W naszym środowisku szkoleniowym nie musisz nic robić: działa ono z Nextflow'em 26.04.4 i parserem v2. Jeśli korzystasz ze środowiska lokalnego lub niestandardowego, zapoznaj się z uwagami dotyczącymi wersji.

Szkolenie wymaga dodatkowo nf-core tools 4.0.2. Jeśli używasz innej wersji narzędzi nf-core, możesz mieć trudności ze śledzeniem kursu.

Możesz sprawdzić, jaka wersja jest zainstalowana w Twoim środowisku, używając polecenia nf-core --version.

Zgodność z parserem v2

Wiele pipeline'ów nf-core nie obsługuje jeszcze parsera składni v2. Jeśli uruchomisz pipeline nf-core inny niż te używane w tym kursie i napotkasz błędy, może być konieczne przełączenie się na parser v1 poprzez ustawienie export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Szczegóły znajdziesz w uwagach dotyczących wersji.

Przygotuj się do pracy¶

Gdy Twój codespace już działa, musisz wykonać dwie czynności przed rozpoczęciem szkolenia: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu i przyjrzeć się udostępnionym materiałom.

Ustaw katalog roboczy¶

Domyślnie codespace otwiera się z katalogiem roboczym ustawionym w katalogu głównym wszystkich kursów szkoleniowych, ale w tym kursie będziemy pracować w katalogu hello-nf-core/.

Zmień katalog teraz, uruchamiając to polecenie w terminalu:

cd hello-nf-core/

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu (np. Twój codespace przejdzie w stan uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić, zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Teraz przyjrzyjmy się zawartości tego katalogu.

Przejrzyj udostępnione materiały¶

Możesz przeglądać zawartość tego katalogu, używając eksploratora plików po lewej stronie obszaru roboczego szkolenia. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

W trakcie kursu używamy wyniku polecenia tree do przedstawienia struktury katalogów i ich zawartości w czytelnej formie, czasami z drobnymi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w dół:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Kliknij na kolorowe pole, aby rozwinąć sekcję i zobaczyć jej zawartość. Używamy takich zwijanych sekcji, aby w zwięzły sposób uwzględnić oczekiwane wyniki poleceń.

Plik greetings.csv to plik CSV zawierający minimalne dane kolumnowe, których używamy do celów testowych.
Plik custom.config to przykładowy plik konfiguracyjny Nextflow'a używany w Części 1 do demonstracji nadpisywania zasobów procesów oraz ext.args.
Plik malformed_samplesheet.csv to celowo uszkodzony samplesheet używany w Części 1 do demonstracji walidacji danych wejściowych.
Plik my_params.yml to przykładowy plik parametrów używany w Części 1 do demonstracji przekazywania parametrów boolean do pipeline'u.
Katalog original-hello zawiera kopię kodu źródłowego powstałego w wyniku przejścia przez kompletną serię szkoleń Hello Nextflow (z włączonym Dockerem).
Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'ów, które powstają w wyniku każdego kroku kursu. Są one przeznaczone do użycia jako punkt odniesienia do sprawdzenia Twojej pracy i rozwiązywania ewentualnych problemów.

Lista kontrolna gotowości¶

Myślisz, że jesteś gotowy/gotowa do rozpoczęcia?

Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
Moje środowisko jest uruchomione i działa
Używam nf-core tools 4.0.2 (sprawdź poleceniem nf-core --version)
Ustawiłem/ustawiłam odpowiednio mój katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.