시작하기¶

교육 환경 시작하기¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구축된 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하십시오. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하십시오.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록 새 브라우저 탭 또는 창에서 교육 환경을 여는 것을 권장합니다(사용 중인 운영체제에 따라 우클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭 사용). 과정을 진행하려면 이 지침을 계속 열어두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 설치할 필요가 없습니다.

codespace는 VSCode 인터페이스로 설정되어 있으며, 파일 시스템 탐색기, 코드 편집기 및 터미널 셸이 포함되어 있습니다. 과정 중에 제공되는 모든 지침(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '이 명령 실행')은 달리 명시되지 않는 한 VSCode 인터페이스의 이 세 부분을 참조합니다.

이 과정을 혼자 진행하는 경우 자세한 내용은 환경 기본 사항을 숙지하십시오.

버전 요구 사항¶

이 교육은 v2 syntax parser가 활성화된 Nextflow 25.10.2 이상에서 작동하며, v2 parser는 Nextflow 26.04부터 기본값입니다. 제공하는 교육 환경에서는 별도로 설정할 필요가 없습니다. v2 parser가 적용된 Nextflow 26.04.4가 실행됩니다. 로컬 또는 사용자 지정 환경을 사용하는 경우 버전 참고 사항을 확인하십시오.

이 교육에는 추가로 nf-core tools 4.0.2가 필요합니다. 다른 버전의 nf-core 도구를 사용하는 경우 따라가기 어려울 수 있습니다.

nf-core --version 명령을 사용하여 환경에 설치된 버전을 확인할 수 있습니다.

v2 parser 호환성

많은 nf-core 파이프라인이 아직 v2 syntax parser를 지원하지 않습니다. 이 과정에서 사용하는 파이프라인 외의 nf-core 파이프라인을 실행하다가 오류가 발생하면 export NXF_SYNTAX_PARSER=v1을 설정하여 v1 parser로 전환해야 할 수 있습니다. 자세한 내용은 버전 참고 사항을 확인하십시오.

작업 준비하기¶

codespace가 실행되면 교육에 들어가기 전에 두 가지 작업을 수행해야 합니다: 이 특정 과정의 작업 디렉토리를 설정하고 제공된 자료를 살펴보는 것입니다.

작업 디렉토리 설정하기¶

기본적으로 codespace는 모든 교육 과정의 루트에 작업 디렉토리가 설정된 상태로 열리지만, 이 과정에서는 hello-nf-core/ 디렉토리에서 작업할 것입니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 지금 디렉토리를 변경하십시오:

cd hello-nf-core/

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리를 벗어나는 경우(예: codespace가 중지 상태로 전환됨) Github Codespaces 교육 환경 내에서 실행하는 경우 전체 경로를 사용하여 언제든지 돌아갈 수 있습니다:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

이제 이 디렉토리의 내용을 살펴봅니다.

제공된 자료 탐색하기¶

교육 작업 공간의 왼쪽에 있는 파일 탐색기를 사용하여 이 디렉토리의 내용을 탐색할 수 있습니다. 또는 tree 명령을 사용할 수 있습니다.

과정 전반에 걸쳐 tree의 출력을 사용하여 디렉토리 구조와 내용을 읽기 쉬운 형태로 표현하며, 때로는 명확성을 위해 약간 수정합니다.

여기서는 두 번째 레벨까지 목차를 생성합니다:

tree . -L 2

디렉토리 내용

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

색상이 있는 상자를 클릭하여 섹션을 확장하고 내용을 확인하십시오. 예상되는 명령 출력을 간결한 방식으로 포함하기 위해 이와 같은 접을 수 있는 섹션을 사용합니다.

greetings.csv 파일은 테스트 목적으로 사용하는 최소한의 열 데이터가 포함된 CSV입니다.
custom.config 파일은 Part 1에서 process 리소스 재정의 및 ext.args를 시연하는 데 사용되는 Nextflow 설정 파일 예제입니다.
malformed_samplesheet.csv 파일은 Part 1에서 입력 유효성 검사를 시연하기 위해 의도적으로 잘못 작성된 samplesheet입니다.
my_params.yml 파일은 Part 1에서 파이프라인에 boolean 매개변수를 전달하는 방법을 시연하는 데 사용되는 매개변수 파일 예제입니다.
original-hello 디렉토리에는 전체 Hello Nextflow 교육 시리즈를 진행하여 생성된 소스 코드의 사본이 포함되어 있습니다(Docker 활성화 상태).
solutions 디렉토리에는 과정의 각 단계에서 생성되는 완성된 워크플로우 스크립트가 포함되어 있습니다. 작업을 확인하고 문제를 해결하는 데 사용할 참조 자료로 제공됩니다.

준비 상태 체크리스트¶

시작할 준비가 되었습니까?

이 과정의 목표와 전제 조건을 이해했습니다
환경이 실행 중입니다
nf-core tools 4.0.2를 사용하고 있습니다(nf-core --version으로 확인)
작업 디렉토리를 적절하게 설정했습니다

모든 항목을 체크할 수 있다면 준비가 완료된 것입니다.

Part 1로 계속하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하십시오.