शुरुआत करना¶

AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

प्रशिक्षण वातावरण शुरू करें¶

GitHub Codespaces पर हमारे द्वारा प्रदान किए गए पूर्व-निर्मित वातावरण का उपयोग करने के लिए, नीचे दिए गए "Open in GitHub Codespaces" बटन पर क्लिक करें। अन्य विकल्पों के लिए, वातावरण विकल्प देखें।

हम अनुशंसा करते हैं कि प्रशिक्षण वातावरण को एक नए ब्राउज़र टैब या विंडो में खोलें (अपने उपकरण के अनुसार राइट-क्लिक, ctrl-क्लिक या cmd-क्लिक का उपयोग करें) ताकि वातावरण लोड होते समय आप पढ़ सकें। पाठ्यक्रम में काम करने के लिए तुम्हें इन निर्देशों को समानांतर में खुला रखना होगा।

वातावरण की मूल बातें¶

इस प्रशिक्षण वातावरण में प्रशिक्षण पाठ्यक्रम के माध्यम से काम करने के लिए आवश्यक सभी सॉफ़्टवेयर, कोड और डेटा शामिल हैं, इसलिए तुम्हें स्वयं कुछ भी इंस्टॉल करने की आवश्यकता नहीं है।

codespace VSCode इंटरफ़ेस के साथ सेट अप किया गया है, जिसमें एक फ़ाइलसिस्टम एक्सप्लोरर, एक कोड एडिटर और एक टर्मिनल शेल शामिल है। पाठ्यक्रम के दौरान दिए गए सभी निर्देश (जैसे 'फ़ाइल खोलें', 'कोड संपादित करें' या 'यह कमांड चलाएं') VScode इंटरफ़ेस के उन तीन भागों को संदर्भित करते हैं जब तक कि अन्यथा निर्दिष्ट न किया गया हो।

यदि तुम इस पाठ्यक्रम को स्वयं कर रहे हो, तो कृपया अधिक विवरण के लिए वातावरण की मूल बातें से परिचित हों।

संस्करण आवश्यकताएं¶

यह प्रशिक्षण v2 syntax parser के साथ Nextflow 25.10.2 या उसके बाद के संस्करण के लिए काम करता है, जो Nextflow 26.04 से डिफ़ॉल्ट है। हमारे प्रशिक्षण वातावरण में तुम्हें कुछ भी करने की आवश्यकता नहीं है: यह v2 parser के साथ Nextflow 26.04.4 चलाता है। यदि तुम लोकल या कस्टम वातावरण का उपयोग कर रहे हो, तो संस्करण नोट्स देखें।

इस प्रशिक्षण के लिए अतिरिक्त रूप से nf-core tools 4.0.2 की आवश्यकता है। यदि तुम nf-core टूलिंग के एक अलग संस्करण का उपयोग करते हो, तो तुम्हें अनुसरण करने में कठिनाई हो सकती है।

तुम nf-core --version कमांड का उपयोग करके जांच सकते हो कि तुम्हारे वातावरण में कौन सा संस्करण इंस्टॉल है।

v2 parser compatibility

कई nf-core पाइपलाइन अभी तक v2 syntax parser को सपोर्ट नहीं करती हैं। यदि तुम इस पाठ्यक्रम में उपयोग की गई पाइपलाइनों के अलावा कोई अन्य nf-core पाइपलाइन चलाते हो और त्रुटियां आती हैं, तो तुम्हें export NXF_SYNTAX_PARSER=v1 सेट करके v1 parser पर स्विच करना पड़ सकता है। विवरण के लिए संस्करण नोट्स देखें।

काम के लिए तैयार हो जाएं¶

एक बार तुम्हारा codespace चल रहा हो, तो प्रशिक्षण में गोता लगाने से पहले तुम्हें दो काम करने हैं: इस विशिष्ट पाठ्यक्रम के लिए अपनी कार्य डायरेक्टरी सेट करें, और प्रदान की गई सामग्री पर एक नज़र डालें।

कार्य डायरेक्टरी सेट करें¶

डिफ़ॉल्ट रूप से, codespace सभी प्रशिक्षण पाठ्यक्रमों की रूट पर सेट कार्य डायरेक्टरी के साथ खुलता है, लेकिन इस पाठ्यक्रम के लिए, हम hello-nf-core/ डायरेक्टरी में काम करेंगे।

टर्मिनल में यह कमांड चलाकर अभी डायरेक्टरी बदलें:

cd hello-nf-core/

सुझाव

यदि किसी भी कारण से तुम इस डायरेक्टरी से बाहर चले जाते हो (जैसे तुम्हारा codespace स्लीप मोड में चला जाता है), तो तुम हमेशा इसमें वापस आने के लिए पूर्ण path का उपयोग कर सकते हो, यह मानते हुए कि तुम Github Codespaces प्रशिक्षण वातावरण के भीतर इसे चला रहे हो:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

अब इस डायरेक्टरी की सामग्री का पता लगाएं।

प्रदान की गई सामग्री का पता लगाएं¶

तुम प्रशिक्षण कार्यक्षेत्र के बाईं ओर फ़ाइल एक्सप्लोरर का उपयोग करके इस डायरेक्टरी की सामग्री का पता लगा सकते हो। वैकल्पिक रूप से, तुम tree कमांड का उपयोग कर सकते हो।

पाठ्यक्रम के दौरान, हम डायरेक्टरी संरचना और सामग्री को पठनीय रूप में प्रस्तुत करने के लिए tree के आउटपुट का उपयोग करते हैं, कभी-कभी स्पष्टता के लिए मामूली संशोधनों के साथ।

यहां हम दूसरे स्तर तक सामग्री की तालिका बनाते हैं:

tree . -L 2

डायरेक्टरी सामग्री

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

अनुभाग का विस्तार करने और इसकी सामग्री देखने के लिए रंगीन बॉक्स पर क्लिक करें। हम संक्षिप्त तरीके से अपेक्षित कमांड आउटपुट शामिल करने के लिए इस तरह के संक्षिप्त अनुभागों का उपयोग करते हैं।

greetings.csv फ़ाइल एक CSV है जिसमें कुछ न्यूनतम स्तंभीय डेटा है जिसका उपयोग हम परीक्षण उद्देश्यों के लिए करते हैं।
custom.config फ़ाइल एक उदाहरण Nextflow कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल है जिसका उपयोग भाग 1 में process resource overrides और ext.args को प्रदर्शित करने के लिए किया जाता है।
malformed_samplesheet.csv फ़ाइल एक जानबूझकर टूटी हुई samplesheet है जिसका उपयोग भाग 1 में इनपुट सत्यापन प्रदर्शित करने के लिए किया जाता है।
my_params.yml फ़ाइल एक उदाहरण params फ़ाइल है जिसका उपयोग भाग 1 में यह प्रदर्शित करने के लिए किया जाता है कि पाइपलाइन को boolean पैरामीटर कैसे पास करें।
original-hello डायरेक्टरी में संपूर्ण Hello Nextflow प्रशिक्षण श्रृंखला के माध्यम से काम करके उत्पादित स्रोत कोड की एक प्रति शामिल है (Docker सक्षम के साथ)।
solutions डायरेक्टरी में पाठ्यक्रम के प्रत्येक चरण से प्राप्त पूर्ण workflow scripts शामिल हैं। उनका उद्देश्य तुम्हारे काम की जांच करने और किसी भी समस्या का निवारण करने के लिए एक संदर्भ के रूप में उपयोग किया जाना है।

तैयारी चेकलिस्ट¶

क्या तुम्हें लगता है कि तुम गोता लगाने के लिए तैयार हो?

मैं इस पाठ्यक्रम के लक्ष्य और इसकी पूर्वापेक्षाओं को समझता हूं
मेरा वातावरण चालू और चल रहा है
मैं nf-core tools 4.0.2 का उपयोग कर रहा हूं (nf-core --version से जांचें)
मैंने अपनी कार्य डायरेक्टरी को उचित रूप से सेट किया है

यदि तुम सभी बॉक्स चेक कर सकते हो, तो तुम जाने के लिए तैयार हो।

भाग 1 को जारी रखने के लिए, इस पृष्ठ के निचले दाएं कोने में तीर पर क्लिक करें।