Primers passos¶

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Iniciar un entorn de formació¶

Per utilitzar l'entorn preconfigurat que proporcionem a GitHub Codespaces, feu clic al botó "Open in GitHub Codespaces" que apareix a continuació. Per a altres opcions, consulteu Opcions d'entorn.

Recomanem obrir l'entorn de formació en una pestanya o finestra nova del navegador (utilitzeu clic dret, ctrl+clic o cmd+clic segons el vostre equip) perquè pugueu continuar llegint mentre es carrega l'entorn. Haureu de mantenir aquestes instruccions obertes en paral·lel per treballar durant el curs.

Conceptes bàsics de l'entorn¶

Aquest entorn de formació conté tot el programari, codi i dades necessaris per treballar durant el curs de formació, de manera que no cal que instal·leu res vosaltres mateixos.

El codespace està configurat amb una interfície VSCode, que inclou un explorador del sistema de fitxers, un editor de codi i un terminal de línia de comandes. Totes les instruccions donades durant el curs (per exemple, "obriu el fitxer", "editeu el codi" o "executeu aquesta comanda") es refereixen a aquestes tres parts de la interfície VSCode tret que s'especifiqui el contrari.

Si esteu treballant en aquest curs pel vostre compte, familiaritzeu-vos amb els conceptes bàsics de l'entorn per a més detalls.

Requisits de versió¶

Aquesta formació funciona amb Nextflow 25.10.2 o posterior amb l'analitzador de sintaxi v2, que és el valor per defecte a partir de Nextflow 26.04. Al nostre entorn de formació no cal fer res: s'executa Nextflow 26.04.4 amb l'analitzador v2. Si utilitzeu un entorn local o personalitzat, consulteu les notes de versió.

La formació també requereix nf-core tools 4.0.2. Si utilitzeu una versió diferent de les eines nf-core, podeu tenir dificultats per seguir el curs.

Podeu comprovar quina versió està instal·lada al vostre entorn utilitzant la comanda nf-core --version.

Compatibilitat amb l'analitzador v2

Molts pipelines nf-core encara no admeten l'analitzador de sintaxi v2. Si executeu un pipeline nf-core diferent dels utilitzats en aquest curs i trobeu errors, és possible que hàgiu de canviar a l'analitzador v1 establint export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consulteu les notes de versió per a més detalls.

Prepareu-vos per treballar¶

Un cop el vostre codespace estigui en funcionament, hi ha dues coses que heu de fer abans d'endinsar-vos en la formació: establir el vostre directori de treball per a aquest curs específic i donar un cop d'ull als materials proporcionats.

Establir el directori de treball¶

Per defecte, el codespace s'obre amb el directori de treball establert a l'arrel de tots els cursos de formació, però per a aquest curs, treballarem al directori hello-nf-core/.

Canvieu de directori ara executant aquesta comanda al terminal:

cd hello-nf-core/

Consell

Si per qualsevol motiu sortiu d'aquest directori (per exemple, el vostre codespace s'adorm), sempre podeu utilitzar el camí complet per tornar-hi, assumint que esteu executant això dins de l'entorn de formació de Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

A continuació, exploreu el contingut d'aquest directori.

Explorar els materials proporcionats¶

Podeu explorar el contingut d'aquest directori utilitzant l'explorador de fitxers a la part esquerra de l'espai de treball de formació. Alternativament, podeu utilitzar la comanda tree.

Durant el curs, utilitzem la sortida de tree per representar l'estructura i el contingut del directori de forma llegible, de vegades amb modificacions menors per claredat.

Aquí generem una taula de continguts fins al segon nivell:

tree . -L 2

Contingut del directori

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Feu clic a la caixa de color per expandir la secció i veure el seu contingut. Utilitzem seccions desplegables com aquesta per incloure la sortida esperada de les comandes de manera concisa.

El fitxer greetings.csv és un CSV que conté algunes dades columnars mínimes que utilitzem per a proves.
El fitxer custom.config és un exemple de fitxer de configuració de Nextflow utilitzat a la Part 1 per demostrar les sobreescriptures de recursos de processos i ext.args.
El fitxer malformed_samplesheet.csv és un full de mostres intencionadament incorrecte utilitzat a la Part 1 per demostrar la validació d'entrades.
El fitxer my_params.yml és un exemple de fitxer de paràmetres utilitzat a la Part 1 per demostrar com passar paràmetres booleans a un pipeline.
El directori original-hello conté una còpia del codi font produït en treballar durant la sèrie completa de formació Hello Nextflow (amb Docker activat).
El directori solutions conté els scripts de workflow completats que resulten de cada pas del curs. Estan pensats per ser utilitzats com a referència per comprovar el vostre treball i resoldre qualsevol problema.

Llista de verificació de preparació¶

Creieu que esteu preparats per començar?

Entenc l'objectiu d'aquest curs i els seus prerequisits
El meu entorn està en funcionament
Estic utilitzant nf-core tools 4.0.2 (comproveu-ho amb nf-core --version)
He establert el meu directori de treball adequadament

Si podeu marcar totes les caselles, esteu a punt per començar.

Per continuar a la Part 1, feu clic a la fletxa de la cantonada inferior dreta d'aquesta pàgina.